Einigen Einschränkungen unterliegen Linux-Systeme auf Microsofts Hyper-V-Hosts nach wie vor:

• Eine VHDX-Datei mit Ext3 zu formatieren, funktioniert nur bis zu einer bestimmten Blockgröße zuverlässig. Als Lösung reduziert man die Blockgröße der virtuellen Festplatten auf ein MByte oder weniger oder verwendet das Ext4-Dateisystem.
• Ältere Linux-Varianten, etwa Red Hat Enterprise Linux bis Version 6.0, unterstützen nur Festplatten mit einer Sektorengröße bis zu 2048 Byte. Mit diesen funktionieren die ab Windows Server 2012 verfügbaren Platten mit einer Blockgröße von 4096 Byte nicht.
• Virtuelle Maschinen mit Ubuntu 12.04 funktionieren nicht immer problemlos mit einem herkömmlichen Netzwerkadapter. Die Verwendung virtueller Hyper-V-Netzwerkadapter löst dieses Problem.
• Damit alle virtuellen Laufwerke in einem Gastsystem sichtbar sind, müssen die Bezeichner von SCSI-Laufwerken mit » « beginnen.
• Um einen Fehler im Linux-Kernel zu umgehen, setzt man bei der Verwendung von mehr als sieben virtuellen Prozessoren die Option »numa=off« in der Konfigurationsdatei »boot.cfg« des Grub-Bootloaders im Gastsystem. Dieselbe Option ist auch beim Einsatz von mehr als 30 GByte Arbeitsspeicher notwendig.
• Entfernt man die Linux Integration Services von einer virtuellen Maschine mit mehr als einem virtuellen Prozessor, funktioniert das Herunterfahren dieser Maschine erst nach dem Deaktivieren des »irqbalance« -Dienstes wieder.
• Den LIS-RPM-Paketen fehlt eine digitale Signatur: Wer sie unter Red Hat Enterprise Linux mit »rpm -K« überprüft, erhält die Meldung KEYS ARE NOT OK.
• Der Dienst SCVMM 2008 stürzt in virtuellen Maschinen mit LIS-Komponenten v3.1 für Hyper-V ab. Behoben wird dies durch das Abschalten des KVP-Daemons im Linux-Gastsystem.